Aunque antes de la conquista española ya había asentamientos indígenas en el territorio, y posteriormente con la llegada de aquellos se fundaron algunas poblaciones, la historia del departamento como entidad territorial comienza en 1569 cuando se ordena su separación de la Gobernación de Popayán. El 30 de octubre de 1584 Santa Fe de Antioquia, que antes dependía de dicha gobernación, se convierte en capital de la Provincia de Antioquia. En 1830, con la desintegración de la república de la Gran Colombia, vuelve a emerger como provincia hasta 1856, cuando se conformó en Estado Soberano. En 1886 se convirtió en el actual departamento con la desaparición de los Estados Unidos de Colombia.
